La structure de l'écovillage a évolué continuellement avec son élargissement et l'apport de nouvelles initiatives. Chacune a généré la structure juridique adéquate à son enjeu économique et à son but (voir le schéma ci-dessus).
La colonne dorsale de l'écovillage est constituée par les groupes d'habitations. Il est obligatoire de faire partie d'un groupe d'habitation pour y emménager. Chaque groupe a un représentant dans le conseil d'administration qui choisit son président. Le CA est d'abord un organe de coordination. Seule la réunion mensuelle ou la réunion plénière annuelle prend les décisions, vote la comptabilité annuelle et le budget ainsi que les décisions qui engagent fortement l'écovillage. Mais la plupart des décisions sont prises au niveau des groupes de travail ou des structures juridiques autonomes. C'est donc une structure très horizontale et décentralisée, caractéristique du fonctionnement de l'écovillage.
Chaque groupe verse à l'écovillage une cotisation : chaque membre du groupe paie une cotisation de 1500 couronnes danoises soit environ 200 euros, seule véritable obligation de l'écovillage.
L'argent sert à soutenir des activités nouvelles qui nécessitent un capital initial ou les activités non rentables : c'est notamment le cas des fêtes ou festivals, des activités culturelles, des animations à destination des enfants ou de certaines activités agricoles (telle que l'élevage de chèvres qui n'est pas financièrement durable mais apporte beaucoup de plaisir aux familles, qu'elles soient membres de l'écovillage ou habitantes de Hjortshøj). Les cotisations peuvent également être utilisées pour d'autres prestations comme pour l'organisation d'un camp d'échange international ou pour rémunérer un avocat dont la mission est de définir avec nous le bon statut juridique pour un nouveau groupe d'habitation. Les projets ne manquent pas !