Le premier groupe d'habitants avait aussi des ambitions nouvelles concernant les eaux usées et la façon dont celles-ci devaient être traités.
Pour l’assainissement, les installations ont été réalisées pour récupérer les matières fécales, pensant que celles-ci étaient les plus fertilisantes. Les urines déviées étaient alors évacuées avec le reste des eaux grises au réseau d’assainissement communal. L’utilisation du système des toilettes sèches couplé à la saulaie et à la centrale d'énergie pendant quinze ans n’a pas donné satisfaction du fait de problèmes divers :
- problèmes de conception favorisant des dégagements d’odeurs et le développement de moucherons,
- impossibilité d’utiliser les matières en engrais sur les parcelles de céréales certifiées bio, les excréments humains ayant été exclus de la liste des fertilisants autorisés en agriculture biologique par une directive européenne en 1991 (EEC N°2092/91 du 24 juin 1991),
- écartement insuffisant pour une coupe mécanisée de la plantation de saules qui était destinée à alimenter la chaudière à copeaux de bois, la saulaie recevant l’épandage des matières fécales et des urines. La coupe manuelle est chronophage et les copeaux doivent être séchés pour être utilisés dans la chaudière.
Le manque de connaissances techniques n’ont pas permis de faire les bons choix de conceptions sur plusieurs maillons de la chaîne. Étant raccordées pour le reste de leurs eaux grises au réseau d’assainissement communal, les habitations ont modifié leurs toilettes pour désormais utiliser des systèmes avec chasse d’eau à faible consommation en eau.
Les limites du système toujours en place dans le groupe n°3 :
- problèmes de fonctionnement des toilettes à compost (odeurs, mouches…),
- manutention de la cuve à compost située au sous-sol des maisons,
- fréquence de vidange biannuelle,
- utilisation du compost sur un terrain non utilisé car pas de fertilisants d’excréments d’origine humaine sur des parcelles certifiées en agriculture biologique,
- multiplicité des réseaux d’assainissement (eaux grises, urines, eaux pluviales) et observation d’entrée d’eaux pluviales dans le système de collecte des urines,
- étanchéité de la saulaie (vieillissement de la bâche et risque de perforation par les racines après plus de 15 ans d’utilisation).
Cette expérience a fait émerger plusieurs problématiques et dysfonctionnements. Le recul insuffisant lors de l’élaboration des projets a conduit à des choix parfois inadéquates. On peut aussi évoquer le frein culturel à gérer des excréments humains, même pour des personnes convaincues par l’écologie. Cependant, l’expérience de l’écovillage de Hjortshøj a permis une application concrète des procédés de l’assainissement écologique et de mettre en évidence des voies d’amélioration.